تفکر تشکیل جایزه ملی کیفیت ایران در سال ۱۳۸۱ شکل گرفت و با تشکیل کمیته‌ای، تجربیات عینی جوایز ملی کیفیت در سایر کشورها، خصوصاً مدل‌های مالکوم بالدریج، بنیاد کیفیت اروپا EFQM و جایزه دمینگ بررسی شد و نهایتاً در تاریخ 15/3/81 طی یکصد و دومین جلسه این شورا، این جایزه تصویب و جهت اجرا به سازمان ملی استاندارد ایران ابلاغ شد.
از سال 1382 تا 1385 چهار دوره جایزه ملی کیفیت ایران عیناً بر مبنای مدل EFQM اروپا برگزار شد و در این راه دوره‌های آموزش متعددی برای تربیت ارزیابان برگزار شد. پس از برگزاری دوره چهارم، مسئولان ذی‌ربط در یک تصمیم‌گیری ملی به این نتیجه رسیدند که برای اثربخشی بیشتر این جایزه، لازم است نگاه عمیق‌تری به تعالی سازمانی از بعد کیفیت محصولات و خدمات صورت پذیرد. لذا ضمن تغییر محتوای مدل و بومی کردن آن، ارزیابی کیفیت در دامنه کاربرد محصول یا گروهی از محصولات تعریف شد.
در سال 1389 و در یکصد و چهارمین جلسه شورای عالی استاندارد، تشکیل جوایز بخشی مبتنی بر جایزه ملی کیفیت ایران تصویب و در سال 90 جوایز بخشی در حوزه‌های ارتباطات و فن‌آوری اطلاعات، غذا و دارو، و خودرو عملاً شکل گرفت. از سال 90 تا سال 95 دبیرخانه جایزه در شرکت ارتباطات زیر ساخت قرارداشت. از سال 90 تا کنون 146 شرکت در این جایزه بخشی شرکت نموده که مهمترین شرکت های اپراتور سیار، FCP ها و شرکت های SAP و بانکداری الکترونیک به چشم می‌خورند.